KSeF – poradnik dla lekarzy i podmiotów medycznych

Od kiedy KSeF będzie obowiązkowy?

Choć formalnie obowiązek korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) został określony na 1 kwietnia 2026 r., w praktyce już od 1 lutego 2026 r. każdy lekarz, prywatny gabinet oraz spółka medyczna będzie musiała być przygotowana na korzystanie z KSeF – przynajmniej w zakresie odbioru faktur kosztowych. Obowiązek ten obejmie m.in. faktury za:

• prąd, gaz, wodę,
• internet i telefon,
• leasing i wynajem,
• paliwo,
• sprzęt i materiały medyczne,

Co istotne, KSeF dotyczy zarówno podatników VAT czynnych, jak i zwolnionych z VAT.

Kogo dotyczy KSeF?

KSeF obejmie wszystkie podmioty prowadzące działalność gospodarczą w ochronie zdrowia, w tym:

• jednoosobowe gabinety lekarskie,
• prywatne przychodnie,
• spółki medyczne (sp. z o.o., spółki partnerskie, komandytowe).

Zakres obowiązków zależy jednak od:

• tego, czy sprzedaż odbywa się w relacji B2B (firma–firma) czy B2C (firma–pacjent),
• skorzystania z wyjątków i okresów przejściowych.

Zwolnienia z KSeF – kto i w jakim zakresie?

1. Sprzedaż na rzecz pacjentów (B2C)

Faktury wystawiane dla osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej nie podlegają obowiązkowi KSeF.
Można je nadal wystawiać:

• w formie papierowej,
• elektronicznie (poza KSeF).

2. Mikroprzedsiębiorcy – limit 10 000 zł sprzedaży miesięcznej

W okresie od 1 kwietnia do 31 grudnia 2026 r. mikroprzedsiębiorcy (np. małe prywatne gabinety lekarskie), których miesięczna sprzedaż udokumentowana fakturami nie przekroczy 10 000 zł brutto, mogą:

• wystawiać faktury poza KSeF (jak dotychczas).

Ważne:

• limit dotyczy jednego miesiąca,
• po jego przekroczeniu traci się prawo do fakturowania poza KSeF – bez możliwości powrotu.

3. Faktury z kas fiskalnych

Do 31 grudnia 2026 r.:

• faktury wystawiane na kasach fiskalnych (w tym paragony z NIP – faktury uproszczone) nie podlegają KSeF.

Od 1 stycznia 2027 r.:

• wystawianie faktur na kasach fiskalnych nie będzie już możliwe.

Lekarze zwolnieni z VAT – typowe usługi medyczne

Kluczowa zasada

Zwolnienie z VAT nie oznacza zwolnienia z KSeF. O obowiązku decyduje przede wszystkim:

• czy faktura dotyczy relacji B2B,
• kim jest nabywca usługi.

Co realnie się zmienia?

Największa zmiana dotyczy kosztów działalności.
Nawet przy zwolnieniu z VAT lekarz będzie otrzymywał wszystkie faktury kosztowe wyłącznie przez KSeF.

Terminy

• od 1 lutego 2026 r. – obowiązek odbioru faktur kosztowych w KSeF,
• od 1 kwietnia 2026 r. – obowiązek wystawiania faktur w KSeF w relacjach B2B (jeśli występują).

Najczęstszy model

• sprzedaż głównie dla pacjentów (B2C) → bez KSeF,
• sporadyczne faktury dla firm → KSeF (z uwzględnieniem limitu 10 000 zł w 2026 r.).

Lekarze VAT czynni – m.in. medycyna estetyczna, usługi komercyjne, firmy

Kluczowa zasada

Sam status VAT czynnego nie przesądza automatycznie o KSeF, ale w praktyce lekarze VAT czynni:

• częściej wystawiają faktury B2B,
• częściej będą objęci obowiązkiem KSeF.

Co realnie się zmienia?

• obowiązkowy odbiór faktur kosztowych w KSeF,
• konieczność wystawiania faktur sprzedażowych B2B w KSeF.

Terminy

• od 1 lutego 2026 r. – odbiór faktur kosztowych,
• od 1 kwietnia 2026 r. – wystawianie faktur B2B w KSeF (z okresem przejściowym i limitem 10 000 zł do końca 2026 r.).

Prywatne przychodnie medyczne

Obowiązki

• od 1 lutego 2026 r. – odbiór faktur kosztowych w KSeF,
• od 1 kwietnia 2026 r. – wystawianie faktur B2B w KSeF (jeśli przychodnia jest VAT czynna).

Specyfika

• duża liczba faktur kosztowych,
• potrzeba integracji KSeF z systemami księgowymi i kadrowymi,
• rekomendowane wyznaczenie osoby odpowiedzialnej za obsługę KSeF lub przekazanie tego zadania biuru rachunkowemu.

Spółki medyczne (sp. z o.o., spółki partnerskie, komandytowe)

Terminy

• od 1 lutego 2026 r. – odbiór faktur kosztowych,
• od 1 kwietnia 2026 r. – wystawianie faktur B2B w KSeF.

Obowiązki organizacyjne

• wyznaczenie osób uprawnionych do KSeF,
• ustalenie wewnętrznych procedur obiegu dokumentów,
• w większych podmiotach – integracja systemów finansowo-księgowych z KSeF i zapewnienie ciągłości obsługi.

Jakie faktury lekarze i podmioty medyczne odbiorą w KSeF?

W szczególności:

• paliwo i koszty samochodów,
• media i usługi telekomunikacyjne,
• sprzęt i materiały medyczne,
• leasing, wynajem, kredyty,

Każda z tych faktur będzie dostępna wyłącznie w KSeF.

Jak się przygotować – praktyczny schemat

1. Uzyskać dostęp do KSeF
   • Profil Zaufany, podpis kwalifikowany lub e-dowód,
2. Nadać uprawnienia ,pobrać certyfikaty
   • Biurowi Rachunkowemu
3. Sprawdzić oprogramowanie
   • czy program księgowy będzie gotowy na KSeF -dotyczy wystawiania faktur Początek formularza

Podsumowanie:

Od 1 lutego 2026 r.:

• wszyscy lekarze, prywatne przychodnie oraz spółki medyczne są zobowiązani do odbioru faktur kosztowych wyłącznie za pośrednictwem KSeF.

Od 1 kwietnia 2026 r.:

• faktury sprzedażowe wystawiane na rzecz podmiotów gospodarczych (B2B) są co do zasady wystawiane w KSeF,
• mikroprzedsiębiorcy, których miesięczna sprzedaż udokumentowana fakturami nie przekracza 10 000 zł brutto, mogą do końca 2026 r. korzystać ze zwolnienia z obowiązku wystawiania faktur sprzedażowych w KSeF,
• sprzedaż realizowana na rzecz pacjentów – osób fizycznych (B2C) pozostaje poza obowiązkiem KSeF.

Od 1 stycznia 2027 r.:

• wszyscy przedsiębiorcy, w tym mikroprzedsiębiorcy, będą objęci obowiązkiem wystawiania faktur sprzedażowych w KSeF, niezależnie od wysokości obrotu,
• limit 10 000 zł brutto przestaje mieć zastosowanie,
• nie będzie już możliwości wystawiania faktur na kasach fiskalnych (w tym paragonów z NIP).